《伤寒论》是辨证论治的纲领
全部《伤寒论》，辨证论治的精神是很突出的，概括来说，就是辨阴阳、表里、寒热、虚实，首先是辨阴阳，辨阴阳这一点，《伤寒论》和《素问·热论》相比，是有很大进步的。两论都论述外感热病，都用六经辨证。但《热论》主要以经络为主体，描述感邪之后出现热病的六经形证的表现，皆为实热证，六经虽有阴阳之分，实际却是阳证，故治疗也不外“汗、泄”二法；这是热病的一般规律。《伤寒论》不但依据经络途径，而且考虑脏腑、标本和气化等规律，故三阳证与《热论》同中有异，三阴证更大相径庭，仲景不但论述了热病中的阳证，即一般规律，而且讨论了虚寒阴证，即特殊变化的诊治。所以说他不但知常，而且达变。这种注意“常”与“变”关系的思想，在《伤寒论》全书中经常体现出来，对后世影响很大。例如： 原文（７）条：“病有发热恶寒者，发于阳也；无热恶寒者，发于阴也。”
这一条实际是《伤寒论》辨阴阳的大纲。它的精神首先是着眼于正气。同一伤寒病，发于阳者表现为发热恶寒，发于阴者表现为无热恶寒，这是由于正气有较强较弱之不同。《医宗金鉴》说：“六气之邪，感人虽同，人受之而生病各异者，何也？盖以人之形有厚薄，气有盛衰，脏有寒热。所受之邪，每从其人之脏气而化，故生病各异也。”所以《伤寒论》的辨证，首先是分三阴三阳，而辨其伤于寒抑是中于风，则是次要的。中医讲辨证论治，就是从这个基本观点出发。外感如此，杂病更是这样。正因为如此，所以《伤寒论》立法论治的要旨，一是扶阳气，二是存津液。把调整阴阳，扶助正气放在主要地位。在用药上，桂枝与甘草，芍药与甘草，人参与甘草，干姜与附子，常用以相伍，作为扶阳或益阴之用。而对于咽喉干燥者、淋家、疮家、衄家、亡血家、汗家，皆在禁汗之列。因为这些病人，或为阴虚，或为阳虚，或为气血俱虚，皆属正气不足。发汗足以重伤正气，引起变证，可见《伤寒论》是处处重视正气的。
但是《伤寒论》之重视正气，并不等于对于外来的邪气置之不顾，并不意味着治病的方法，就是一概扶正补虚。《伤寒论》中许多治法与处方，既是扶正，又是祛邪，扶正与祛邪，很难截然分开。如桂枝汤既为调和营卫（扶正）之主方，亦为解肌疏风（祛邪）之要药。小柴胡汤既有柴胡、黄芩清热，复有人参、甘草之益气，合于一方起着扶正达邪之作用。但须指出，所谓扶正与祛邪不能截然分开，不是说不要有重点，大致祛邪的方法以发表攻里为先，扶正的方法以滋阴扶阳为主。邪气盛，正气未衰时，以祛邪为主，邪去正乃安；正气虚，虽见邪盛，一般以扶正为主，正足邪自去。但无论扶正也好，祛邪也好，总的目的要使阴阳和，达到病愈。例如：
原文（５８）条：“凡病，若发汗、若吐、若下、若亡血、亡津液，阴阳自和者必自愈。”就说明了这个问题。
《伤寒论》的辨阴阳，是以“阴阳消长”、“阴阳胜复”和“阴阳互根”理论来指导的，同时注意标本真伪的辨别，现分析如下：
在外感疾病的过程中，外邪及其产生的破坏力，亦有阴阳之分，不属于阴，即属于阳，故有阴邪、阳邪之称。阴则为寒，阳则为热，与之相对的一方则为正。例如： 寒邪（阴邪）伤阳亡阳，即正气一方面的阳气；热邪（阳邪）伤阴亡阴，即正气一方面的阴气（或称阴津、阴液）。在生理状态下，阴阳是调和的（相对的平衡）；在病理状态下，阴阳是失调的。正能胜邪，疾病趋向好转，最后正胜邪退，阴阳自和（恢复生理上阴阳相对平衡的状态）而告痊愈；正不胜邪，疾病趋于严重，甚至导致阴阳离决而告死亡。其表现于外的脉证，也即是邪气的破坏力与正气的抗病力的综合反应。《伤寒论》把它分为三种阳证与三种阴证。以三阳病证而言，阳道实，实者邪气盛也，但正气有能力足以敌邪，故表现为阳证（亢奋的，实热的证候），施治的重点是在祛邪，或汗，或清，或下，或和解，因势利导，随证制宜，使其正胜邪却；三阴病证者，阴道虚，虚者精气夺也，为正气衰弱抗病力不强所致，故表现为阴证（衰弱的、虚寒的证候）虽反应不甚强烈，必须引起重视（例如干姜附子汤证），所以对于三阴病的施治原则是扶正而不是祛邪。
如上所述，疾病的转归，取决于邪正势力之消长。三阴病证属阴盛阳衰，亦即邪盛正衰，但只要阳气不绝，到一定阶段，具备了一定条件，便会向阴消阳长转化，古人朴素地认作为物极必反，有胜必有复。所以诊断少阴病的预后，以手足温，时自烦为阳复佳兆；厥逆不回，脉绝不至，躁扰不安为阳绝恶候。因此，治疗阴证，法当急温，使其阴证转阳，然后“随证治之”。
有胜必有复，是古人认识阴阳转化的规律。阴证固能转阳，而阳证亦能转阴。例如阳明病大热、大渴、大汗出、脉洪大，是典型的阳、实、热证；一方面是邪气盛，一方面是正气（阳气）反应也很强烈，这就是“阳亢”，又会给正气本身带来一定的损害。故在太阳病之阳证，可以发表不远热，而在阳明病之阳证，则于法当清；若任其亢阳无制，既能亡阴（正阴），亦能亡阳（正阳）。到了那个时候，在证候的表现上来看，已经阳证转为阴证；从病邪一方面来看，已从阳邪转化为阴邪；从正气一方面来看，阴阳是互根的，阴亡阳亦随之而脱。例如白虎加人参汤证既指出“热结在里，表里俱热”，又举出“时时恶风”，“背微恶寒”等证，就是阳气由盛趋衰的先兆。白虎汤所以加人参，既为承制亢阳，资生化源，且防止热极津亡，阳从汗出，原气散脱，导致阳亡之危险。
由此可见，阴阳消长，在病理过程中，亦即“邪正”互为消长，但同时又有胜复，故阴证有回阳之机转，热病有复阴之可能，而扶阳抑阴或济阴和阳之施治在于及时，方能不失病机。阴阳互根，是指正阴（阴液）正阳（阳气）而言，阴亡阳不能孤立，阳亡阴不能独存。在病理上往往见到高热亡阴，阳亦随之而脱，故治其热必兼顾其阳；吐利伤阳，阴亦随之而竭，故治其寒必顾其阴。施用救阴救阳之法，必须懂得阴阳互根的道理。
辨阴阳时还必须注意标本真假的辨别。标本有多种含义，本文指的标本的关系，是现象与本质的关系。《内经》说：“治病必求于本。”“本”者，阴阳也。而阴阳之表现主要见于寒热，标本一致，表现为真寒、真热者易辨；标本不一致，表现为假寒、假热者难识。但是，标与本的关系，既然是现象与本质的关系，它必然有内在联系。尽管有时二者不相一致，出现假象，然而这一假象，仍然是本质上产生的。《伤寒论》对于这些真寒假热或真热假寒证的处理，就是认识到标出于本，标一定与本有联系，因而认识疾病的性质更为深入。例如：
原文（３１５）条：“少阴病，下利，脉微者，与白通汤。利不止，厥逆，无脉，干呕烦者，白通加猪胆汁汤主之。服药脉暴出者死，微续者生。”
本条以葱白、干姜、附子治其真寒，以人尿、猪胆汁治其假热，即一般认为寒凉反佐热药之法。值得注意的是为什么不用黄芩、黄连等大苦大寒之药，而用人尿、猪胆汁等咸苦相伍来反佐呢？可以认为，本证假热之所以出现，一方面由于阴邪内盛，真阳为阴邪所逼而上浮；另一方面又由于阴邪内盛，以致或吐或利，或吐利交作，亡失津液，真阴亦伤，阴不恋阳，形成脱证。其所以用猪胆汁，不仅寓有反佐的意义，更重要的是咸苦滋阴，从阴引阳。若用大苦大寒之芩、连，不但没有这种作用，甚至可以化燥伤阴。从这一条可以看出《伤寒论》不仅重视辨别阴阳之标本真伪，而且具有标出于本的认识。
其次，是辨表里。一般来说，先表后里，是常法。例如：
原文（４４）条：“太阳病，外证未解，不可下也，下之为逆。欲解外者，宜桂枝汤。”
原文（１６４）条：“伤寒大下后复发汗，心下痞，恶寒者，表未解也。不可攻痞，当先解表，表解乃可攻痞。解表宜桂枝汤，攻痞宜大黄黄连泻心汤。”
但是，先表后里，也并不是绝对的，在解表之中，未尝不可用通里之法。例如：
原文（２０８）条：“阳明病，脉迟，虽汗出不恶寒者，其身必重，短气，腹满而喘，有潮热者，此外欲解，可攻里也。手足濈然汗出者，此大便已硬也，大承气汤主之；若汗多，微发热恶寒者，外未解也，其热不潮，未可与承气汤，若腹大满不通者，可与小承气汤，微和胃气，勿令至大泄下。”
在多数情况下，表里兼见之证，应表里双解，例如葛根芩连汤证，桂枝大黄汤证，桂枝人参汤证。但也有先里后表。例如：
原文（９１）条：“伤寒，医下之，续得下利清谷不止，身疼痛者，急当救里；后身疼痛，清便自调者，急当救表。救里宜四逆汤，救表宜桂枝汤。”
由此可见，治病有常法，有变法。先表后里，是常法；先里后表，是变法。辨证，也有常证，有变证。六经病提纲，概括性很强，这是六经病的常证；但每一个具体病证，又都不是完全地包括在提纲之中，又是六经病的变证。
第三，是辨寒热。以四肢厥逆一症为例，如： 原文（３３７）条：“凡厥者，阴阳气不相顺接，便为厥。厥者，手足逆冷者是也。”
这是四肢厥逆的共性。但是，对四肢厥逆首先要辨寒热。例如：
原文（３５０）条：“伤寒脉滑而厥者，里有热。白虎汤主之。”
这是热厥。
原文（３５４）条：“大汗，若大下利而厥冷者，四逆汤主之。”
这是寒厥。
又如以“协热利”为例，葛根芩连汤证是热利；桂枝人参汤证是寒利。
还有，以“便脓血”为例：
原文（３０６）条：“少阴病，下利便脓血者，桃花汤主之。”
原文（３０７）条：“少阴病二三日至四五日，腹痛，小便不利，下利不止，便脓血者，桃花汤主之。”
以上两条就是寒证。
原文（３７１）条：“热利下重者，白头翁汤主之。”
原文（３７３）条：“下利欲饮水者，以有热故也，白头翁汤主之。”
以上两条就是热证。
最后，是辨虚实。虚实是疾病的本质，是要辨明。例如：
原文（７０）条：“发汗后，恶寒者，虚故也；不恶寒，但热者，实也，当和胃气，与调胃承气汤。”
就是辨虚实的一个例子。又例如“阳明病篇”有两条条文：
原文（２３３）条：“阳明病，自汗出。若发汗，小便自利者，此为津液内竭，虽硬不可攻之；当须自欲大便，宜蜜煎导而通之。若土瓜根及大猪胆汁，皆可为导。”
原文（２４２）条：“病人小便不利，大便乍难乍易，时有微热，喘冒不能卧者，有燥屎也，宜大承气汤。”
两条对比，就在辨虚实。从表面来看，前者大便硬，应予攻下；后者大便乍难乍易。但仔细分析，前者为津液内竭，而非热结在里，属虚，大便虽硬却不可攻；后者为燥屎内结，有喘冒不能卧等证，大便乍难乍易乃是“热结旁流”，属实，却宜大承气汤。
脉滑而疾者，只能用小承气汤，不能用大承气汤，也是虚实关系；阳明病重证，“脉弦者生，脉涩者死”，也是虚实关系。
《伤寒论》还很注意鉴别诊断，例如：
原文（１３６）条：“伤寒十余日，热结在里，复往来寒热者，与大柴胡汤；但结胸，无大热者，此为水结在胸胁也，但头微汗出者，大陷胸汤主之。”
这一条就是大柴胡证与大陷胸证的鉴别诊断。
原文（１４９）条：“伤寒五六日，呕而发热者，柴胡汤证具，而以他药下之，柴胡证仍在者，复与柴胡汤，此虽已下之，不为逆，必蒸蒸而振，却发热汗出而解；若心下满而硬痛者，此为结胸也，大陷胸汤主之；但满而不痛者，此为痞，柴胡不中与之，宜半夏泻心汤。”
这一条就是柴胡汤、大陷胸汤与半夏泻心肠证的鉴别诊断。
又例如：
原文（２０４）条：“伤寒，呕多，虽有阳明证，不可攻之。”
原文（２０５）条：“阳明病，心下硬满者，不可攻之……”
原文（２３０）条：“阳明病，胁下硬满，不大便而呕，舌上白胎者，可与小柴胡汤。上焦得通，津液得下，胃气因和，身濈然汗出而解。”
这三条都是承气汤证与柴胡汤证的鉴别诊断。
辨证要辨得细，方法要多，用药要对头，这一方面《伤寒论》给了我们很好的范例。如以下利一症为例，有用葛根汤、葛根芩连汤、大柴胡汤、三泻心汤、理中丸、四逆汤，分别应用，就靠辨证。如：
原文（１５９）条：“伤寒服汤药，下利不止，心下痞硬，服泻心汤已，复以他药下之，利不止，医以理中与之，利益甚。理中者，理中焦，此利在下焦，赤石脂禹余粮汤主之；复不止者，当利其小便。”
这一条就是具体说明辨证法不细，用药就不对头；同时也指出医生治病，思路要广，方法要多。
《伤寒论》全书反复辨明病起何因；前见何证，后变何证；恶寒恶热，寒热轻重；有汗无汗，汗多汗少，汗起何处，汗止何处；口淡口苦，渴与不渴，思饮不思饮，饮多饮少，喜热喜凉；思食不思食，能食不能食，食多食少；胸胁腹有无胀痛；二便通涩，小便为清为浊，色黄色淡；曾服何药，药后变化如何……脉证合参，或舍证从脉，或舍脉从证，经过思考分析，才能深入了解到病证的本质，即阴阳、表里、寒热、虚实，作出正确的判断。从这一意义上来说，可以认识到《伤寒论》不仅是一部方书，而是中医基础理论，有指导临床的意义。
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